대학자율화 2단계 조치로 교직원 인사와 조직운영에서 대학의 자율권이 대폭 확대되고 총장의 인사권이 강화된다. 또 전임강사 제도가 폐지되고 교원은 '교수ㆍ부교수ㆍ조교수'의 3단계로 단순화된다.

우선 대학총장의 인사권이 대폭 확대된다. 국립대 총장은 대학인사위원회 동의절차 없이 부총장, 대학원장, 단과대학 장 등 보직교수를 임명할 수 있다. 또 국립대학에도 총액인건비제를 적용해 일반직(6급이하) 기능직 공무원의 직급 및 직렬은 절감재원 범위내에서 대학의 장이 자체조정 할 수 있게 된다.

조직운영에서 현재 5개 대학에 대해서만 인정되고 있는 부총장 보직 설치 운영도 총 보직수행경비 내에서 대학 자율로 허용된다.

대학교원의 신규채용은 공고기간을 대학이 정할 수 있으며, 지침으로 돼 있는 공개채용 원칙은 법령으로 규정된다. 특정대학 학사학위 소지자의 채용인원 3분의 2 초과금지 규정은 1년단위에서 매년 연도말 누계 적용으로 변경된다.

국내대학 교원은 소속 학교장의 허가를 받아 외국대학의 교원을 겸직할 수 있게 되고, 15년 이상으로 규정된 명예교수 추대에 필요한 재직 기간 조항은 삭제된다. '교원의 재임용 계약시 직명별 근무기간에 대한 지침'과 '교원의 직명별 최소 근무소요연수에 관한 지침'도 폐지된다.

또 국립대학 전문대학원과 특수대학원장이 단과대학장과 대학원장, 학부장도 겸직할 수 있게 되고 현재 2년으로 제한된 국립대학 부속시설에 대한 평가 주기를 3년 이내로 완화한다.